In de loop van de jaren heeft de sociëteit in verschillende fases grote veranderingen ondergaan.

Eerste fase

Na enkele pogingen lukte het in 1949 om het ernstig vervallen Barbara-klooster van de gemeente over te nemen, op voorwaarde dat het gerestaureerd werd. Tijdens de oorlog was het gebouw onder andere gebruikt voor schiet- en brandweeroefeningen en dit had het pand geen goed gedaan.

De eerste restauratiefase van het Barbaraklooster bestreek de periode van 23 oktober 1953 tot en met 1 mei 1954. In die periode wordt de noordvleugel onder handen genomen. De gevel wordt gerestaureerd, en het jaartal '1550' wordt uit de westvleugel gehaald en aangebracht in de voorgevel, waar het nu nog steeds zichtbaar is. Het boogvenster  'onder de bogen' wordt ook gerestaureerd. Op 1 mei 1954 wordt de noordelijke vleugel opgeleverd, de Methusalemvleugel. Vroeger heette de Minnekamer namelijk Methusalemkamer. Het bestuur van de Barbarastichting heeft de leiding over de restauratie.

Tweede fase

Eind 1955 begint men aan de restauratie van de kelders in de westvleugel. Bij het uitgraven van de prestigekelder worden prachtige kruisgewelven ontdekt, die op aandringen van monumentenzorg hersteld worden. In de vloer van de kelder word een enorme betonnen bak aangebracht om te voorkomen dat het grondwater in de kelder doordringt.

Boven de Prestigekelder verrijst de Prestigezaal en de Sint Barbara Huisvesting wordt weer daarboven gesitueerd. Er worden op verschillende manieren fondsen geworven voor de bouw. De overheid is een belangrijke donateur in deze. Ook katholieke Limburgse werkgevers doneren een ton, maar eisen in ruil daarvoor dat 50 procent van de bewoners van de huisvesting uit Limburg komt. Dit is langzaam verwaterd. Op 27 januari 1957 wordt de westvleugel feestelijk geopend.

Derde fase

Nu is het de beurt aan de zuidvleugel. De nieuwe prestigezaal wordt nu als eetzaal gebruikt en dus kan de eetzaal onder handen worden genomen. De Minnekamer wordt als tijdelijke keuken gebruikt. Het centrale trappenhuis en de voorzaal worden aangepakt. Een van de belangrijkste projecten is de bouw van het torentje. Al sinds het begin van de restauratie willen de bouwende Virgilianen het gebouw zo veel mogelijk terugbrengen in de staat van de kloostertijd. Uit het schilderij 'zicht op Delft' van Johannes Vermeer blijkt dat er een torentje op het klooster heeft gestaan. Dus er wordt een torentje ontworpen en gemaakt. In 1963 is het torentje af en in 1966 opent minister Cals het gebouw na de derde fase.

Vierde fase

In de jaren na 1965 zijn er verscheidene plannen om de Vierde Fase te realiseren. De plannen worden echter meerdere keren opgeschort vanwege geldgebrek. De studentenverenigingen kennen zware tijden in de zeventiger jaren, en dus is het pand op sommige momenten zelfs wat te groot. Echter in de tachtiger jaren trekken de ledenaantallen weer aan en dus is de tijd rijp voor de bouw van de Vierde Fase.

Gelijktijdig speelt ook de aankoop van het pand een rol. Door de vele investeringen die de Sint Barbara Stichting al gedaan had door de jaren heen is de aankoopsom door de gemeente Delft al drastisch verlaagd. De SBS is er echter op gebrand de transactie met gesloten knip te laten plaatsvinden. Er wordt een soort 'statiegeldregeling' bedacht waarbij de gemeente subsidies levert voor de bouw van de Vierde Fase. Deze subsidie compenseerde precies het bedrag dat de SBS nog zou moeten betalen en werd uitgekeerd mits de bouw binnen 5 jaar na aankoop klaar zou zijn. Op 22 juni 1989 vindt in een afgeladen sociëteitszaal de ondertekening van de koopacte plaats en is Alcuin eindelijk in Virgilaanse handen.
Het Vierde Fase project omvat uiteindelijk het bouwen van boven elkaar; een nieuwe keuken, een deel sociëteitszaal en een bibliotheek. Het geheel wordt razendsnel uitgevoerd en op 30 november 1990 komt minister Ritzen van Onderwijs en Wetenschap de vierde fase officieel openen.

Brandtrappen

De een-na-laatste grote verbouwing aan societeit Alcuin was de plaatsing van de brandtrappen op de binnenplaats. De strengere wetgeving op het gebied van brandveiligheid, in gang gezet door onder andere de brand in Volendam, leidde er toe dat we steeds minder mensen mochten binnelaten in de societeit. Met name bij grote feesten leverde dit nog wel eens een lange rij op. Na enkele jaren van voorbereiding werden op 23 oktober 2002 de tijdelijke brandtrappen van steigerwerk vervangen door vaste trappen.

Societeitszaalverbouwing

De laatste grote verbouwing aan societeit Alcuin was het vervangen van de societeitszaal vloer en de bar. Hierbij is ook de lekbak onder de societeitszaalvloer vervangen en is er een coating aangelegd die ervoor zorgt dat alles netjes wordt opgevangen. Met een nieuwe, strakke vloer kwam er ook een nieuwe bar. Deze nieuwe bar is een slag groter dan de oude en zorgt ervoor dat er nog meer biertjes kunnen worden getapt door extra tappunten. Een exstra postmix zorgt ervoor dat ook de sterk en frisjes snel over de bar gaan en de wijn zit nu ook op het passensysteem aangesloten. Bovendien is de 4e fase een stuk gezelliger geworden en daarmee nog geschikter voor afstudeerborrels.